Maercker hat von 1979 bis 1986 an der Universität Halle-Wittenberg und an der Humboldt-Universität Berlin Medizin und Psychologie studiert. Seine medizinische Doktorarbeit schrieb er im Bereich der Neuropathophysiologie. Nach seiner Assistenzarztzeit wechselte er 1989 in die entwicklungspsychologische Forschung an das Max-Planck-Institut für Bildungsforschung, in eine Arbeitsgruppe des Lebensspannen-Psychologen Prof. Dr. Paul B. Baltes, bei dem er in der Psychologie promovierte mit dem Thema "Existentielle Konfrontation: Eine Untersuchung im Rahmen eines psychologischen Weisheitsparadigmas". 1992 war für ein Jahr Forschungsstipendiat an der University of California, San Francisco bei Prof. Dr. Mardi J. Horowitz. Auf Horowitz geht die Erstbeschreibung der "Posttraumatischen Belastungsstörung" als psychische Krankheit zurück. Seit dieser Zeit forschte Maercker an verschiedenen Themen im Bereich der Psychotraumatologie, insbesondere zu Fragen der Aufrechterhaltung dieser Störung sowie zur Psychotherapie.

Maercker war von 2002 bis 2004 Leiter einer Arbeitsgruppe "Psychotraumatologie" an der Universität Zürich, Institut für Psychologie, bevor er zum November 2004 an die Universität Trier als Lehrstuhlinhaber wechselte. Hier leitet er die Abteilung "Klinische Psychologie, Psychosomatik und Psychotherapie" am Fachbereich I Psychologie und plant eine Tagesklinik für Patienten mit psychotraumatologischen Störungsbildern zu eröffnen.

Andreas Maercker hat eine Vielzahl von wissenschaftlichen Artikeln veröffentlicht sowie mehrere erfolgreiche Bücher. Im Wissenschaftsverlag Springer Heidelberg ist sein Standardwerk "Therapie der Posttraumatischen Belastungsstörungen" und im Hogrefe-Verlag Göttingen - zusammen mit Ulrike Ehlert - das Buch "Psychotraumatologie" erschienen.

Die Dr. Margrit Egner-Stiftung wurde 1983 gegründet und verleiht alljährlich Preise an verdiente Verfasser von wissenschaftlichen Arbeiten auf dem Gebiet der "Humanistischen und Anthropologischen Psychologie einschließlich entsprechender Richtungen der Medizin und Philosophie". Sie ehrt damit einzelne hervorragende Arbeiten ebenso wie ein ganzes Lebenswerk.

Der Dr. Margrit Egner-Preis ist in Deutschland wenig bekannt, genießt aber international hohes Ansehen. Zu den Preisträgern gehören etwa die Psychologen Ursula Lehr, Detlev von Uslar und Verena Kast, die Psychiater Wolfgang Blankenburg, Hubertus Tellenbach, Reinhard Lempp und Walter Spiel sowie die Philosophen Hans-Georg Gadamer und Jürgen Habermas.