Nach Postdoc-Stipendien im Forschungszentrum Europa (Universität Trier), im vom Europäischen Forschungsrat geförderten Projekt „Beyond the Elite – Jewish Daily Life in Europe“ (Hebräische Universität von Jerusalem) und im Max Weber-Kolleg (Universität Erfurt) war er zuletzt Mitglied der Martin Buber Society of Fellows in the Humanities and Social Sciences (Hebräische Universität von Jerusalem).

Seine Forschungsschwerpunkte liegen auf der mittelalterlichen jüdischen Geschichte. Er hat verschiedene Arbeiten zu Themen der Siegelkunde, des Altjiddischen, der Eidpraktiken, der jüdischen Delinquenz und der Ritualobjekte von Juden publiziert. Derzeit arbeitet Andreas Lehnertz an seinem zweiten Buch zum Thema „Jüdische Handwerksleute im mittelalterlichen Aschkenas.“